Zirkon dostal svůj název podle perského slova „zargun“, což znamená „zlatě zbarvený“.
Zirkon je znám už pradávna. Ve svých dílech ho zmiňuje například řecký filosof Theofrastos (cca 372 - 287 př. n. l.). Staří úlomku objeveného v australských Jack Hills bylo určeno na 4,4 miliardy let, což z něj dělá nejstarší část naší planety.
Zirkon v přírodě poměrně běžný a vyskytuje se v mnoha barevných variantách. Mnohem vzácnější jsou velké (několik kilogramů těžké) krystaly. Ty lze nalézt například na Srí Lance, v Kanadě či v Rusku.
V období středověku tento zajímavý minerál považován za kámen moudrosti. Kromě toho mu byla mu připisována moc zahánět temné síly i noční můry.
Zirkon se používá se k léčbě alergií, plicních onemocnění, nechutenství. Vyrábí se z něj tzv. zirkonová voda, která má blahodárný vliv na játra. Jeho odrůda hyacint prý dokáže tišit bolesti.
Doejme, že zirkon je jeden z krystalů, jehož nošení nelze doporučit úplně všem lidem. Některým jedincům (třeba epileptikům) totiž může způsobovat závratě.