Jak jsme si řekli v závěru předchozího dílu, v 18. století se objevila další kuriózní hypotéza o původu zkamenělin – totiž že vznikly jednorázově, během celosvětové potopy popisované v biblické knize Genesis.
Problém spočíval v tom, že tento názor byl v rozporu s pozorovatelnými skutečnostmi. Například - v různých geologických vrstvách byly nalézány odlišné, pro ty které vrstvy charakteristické zkameněliny (dosud stále nikdo neobjevil fosilního králíka v prekambriu, což by krásně falsifikovalo velkou část evoluční teorie).
Velký přírodovědec a hluboce věřící člověk C. G Cuvier se tento problém pokusil vyřešit tzv. teorií katastrofismu, podle které byl život na Zemi opakovaně zničen více katastrofami, přičemž po každé z nich následovalo stvoření nových druhů. Ta však byla později vyvrácena.
V 19. století se díky práci Charlese Darwina potvrdilo, že fosilní záznam je jakousi kronikou postupného vývoje organismů od jednodušších forem k formám složitějším. Jedním z Darwinových vrstevníků byl i francouzský inženýr J. Barrande, který se proslavil svým monumentálním dílem o zkamenělinách středních Čech (většinu života strávil v Praze).
Samostatnou zmínku si zaslouží také A. Frič a D. Štúr, kteří se významně zasloužili o rozmach československé paleontologie – tedy vědy, která zabývá historickým vývojem organismů v geologické minulosti Země (velmi zjednodušeně řečeno).